Branko Janžek nogometnu karijeru započeo je u rodnom Strahonincu u Međimurskoj županiji, u tadašnjem Partizanu. Počeo je kao napadač, da bi uskoro prešao na mjesto vratara. Branio je svega pet utakmica prije no što je prešao u Varteks.
U Varteksu je bio golman juniorske selekcije, a 1972. godine prešao je i u seniorsku ekipu. Tada je pozvan i u hrvatsku nogometnu reprezentaciju.
1985. godine je u jednoj prijateljskoj utakmici zadobio tešku ozljedu, napukla mu je jetra, pa se 1987. godine, na utakmici protiv Dinama iz Vinkovaca kojom je otvoren stadion za Univerzijadu, oprostio od aktivnog igranja nogometa.
Trenersku karijeru počeo je u Strahonincu, koji je tada igrao u istoj ligi kao i Varteks. Nakon godine dana vratio se u Varteks, gdje je 1988. godine dobio posao trenera vratara. Nakon toga, bio je pomoćni trener Ivankoviću, Bonačiću, Mršiću, Daliću i ostalima. Radio je i u Omladinskoj školi.
Iako je tijekom svog staža u Varteksu nekoliko puta uskakao na mjesto glavnog trenera, kad je momčad bila između dva trenera, najupečatljiviji je trag ostavio u sezonama 2001./2002. te 2002./2003., kad je Varteks vodio u 40 utakmica. Varteks je preuzeo od Ivana Katalinića i vodio ga u jednom od najvećih uspjeha kluba.
Varteks se naime plasirao u Kup UEFA i u prvom kolu izbacio slavnu Aston Villu. U Birminghamu je bilo 2:3, nevjerojatno slavlje Bumbara, a kad je Aston Villa u uzvratu u Varaždinu pobijedila s 1:0, bilo je to premalo za ispravljanje inicijalnog kiksa. Kasnije je Varteks ispao, i to od Brondbyja.
U sezoni 2011./2012. Janžek je mjesto trenera prve ekipe preuzeo od Tomice Kocijana, 15. listopada 2011, kao treći trener te sezone. Ekipu je preuzeo na posljednjem mjestu tablice, sa svega jednim osvojenim bodom.